A história se passa em 1327, em uma abadia beneditina na região da Baviera, Alemanha. O ano é marcado por grandes tensões religiosas e políticas. O filme segue a chegada de dois frades franciscanos, Guilherme de Baskerville (interpretado por Sean Connery) e seu noviço, Adso de Melk (interpretado por Christian Slater). Eles chegam à abadia em busca de refúgio e para realizar uma missão diplomática. No entanto, logo se encontram envolvidos em uma série de eventos misteriosos e trágicos, que culminam na morte de vários monges.