La jugabilidad de Breath of Fire 3 sigue el patrón establecido por sus predecesores, ofreciendo un sistema de combate por turnos en el que Ryu y sus aliados deben usar sus habilidades y magias para derrotar a los enemigos. El juego también incluye un sistema de exploración que nos permite interactuar con el entorno, recoger objetos y hablar con los personajes no jugables.